假設，現任總統是連戰，在投票日前夕遭到槍擊，隔日並以不到三萬票險勝陳水扁。這時，民進黨是否還能信任由受到行政權制約甚深的檢察機關來主導槍擊案的調查？若不能，那就表示，該被質疑的並非連或扁，而是我們缺乏一個昭信於人的「制度」。
那麼我們該怎麼做呢？
首先，得先釐清槍擊案的本質。若只是單純刑案，則循現有的司法路徑解決即可；若涉及執政者濫用權力、干擾公正選舉，我國現狀下的司法管道，恐難擔負還原真相的功能。
因為我國的司法權運作處在二分的狀態，法律上意義的司法機關是法院，但法院法官的被動屬性，使其並不具備完整的、主動的調查案件功能；案件調查與蒐證，主要由檢察機關負擔。這種分工在一般司法案件上並無不妥，因為不論是司法或檢察機關，都是與案件無利害關係的中立者。
然而，當案件所指涉的當事人是總統時，不論社會如何「期待」檢察官獨立辦案，但在制度上，當檢察官的升遷、考績仍受制於行政權時，嚴格言，現制下的檢察機關就不再是中立的第三者。因此，有建立特別的調查路徑去揭露真相之必要。
以美國經驗來看，有二種路徑，一是負責調查甘迺迪總統遭刺的華倫委員會；此部分討論已多，茲不贅述。另一是重心係在處理對行政權不信任，並曾在彈劾總統調查（尼克森的水門案、柯林頓的白水案）扮演重要功能的獨立檢察官。
獨立檢察官是在國會要求下，由檢察總長（行政官員）在聯邦法庭的監督下任命的非常設機關。檢察總長雖可將獨立檢察官解職，但須經國會同意；且檢察總長不能干涉獨立檢察官的調查；獨立檢察官的人選須從原有檢察系統外的民間法律專家中挑選。換言之，獨立檢察官就任後，行政系統即很難加以箝制。
以上制度是否有執政黨所說的雙重違憲呢？筆者認為不必拘泥於憲法的狹義文義，在制度有缺口或矛盾時，應回到憲法規範的真正目的與精神，對新設的機制，進行目的性的解釋。就算堅持必須有憲法上的權力根據，筆者認為，也並非沒有成立該特設機關的憲法基礎。
依憲法增修條文，立法院有權提出總統、副總統彈劾案，為落實立法院的總統彈劾權，應賦予立法院調查權，否則這等於要求國會矇著眼行使憲法賦予他的虎頭鍘。
憲法增修條文第四條第七項規定：「立法院對於總統、副總統之彈劾案，須經全體立法委員二分之一以上之提議，全體立法委員三分之二以上之決議。」對此不妨做成三階段的理解，第一是彈劾調查發動，應有全體立法委員二分之一以上的提議；第二，進入調查程序，應設立不受行政權制約、非常態的中立調查機構，負責進行彈劾調查；調查完畢則進入第三階段，須有「全體立法委員三分之二以上之決議」，彈劾案方可成案。至於成案後，尚須經國民大會三分之二以上的決議方為通過，這是後話。
在立法技術方面，不必另立新法，不妨依前文建議的三階段思維，修正立法院職權行使法，特別是在其中增訂調查程序，賦予國會成立非常設、獨立的調查機關的權力。
要強調者，以上建議並非建築在認定槍擊案是執政黨自導自演的基礎上為之，而是建築在一個失去監督制衡可能性的制度，即使本案中總統的確是清白的，也不代表明天再發生爭議時，總統仍是清白的，更不保證下一個不一樣的總統，不會藉著這個制度缺口濫用權力。
最後，筆者要給在野黨兩點建議，一是對人而非對事的訴求態度是不正確的。不被信任的不應該是陳水扁，而是現狀下處理槍擊調查的「制度」，這個制度缺乏對行政權有效監督與制衡的能力。相同制度下，即使在位者是連戰，一樣不能被信任。
其次，以「限事型」的特別法成立「真相調查委員會」，調查結束，該法亦併同失效，其出發點亦令人遺憾。這無異昭告國人，只要這次事件對「我」有了交代，那麼那個讓我獲得「個案正義」的機制，就可以廢而不用，至於漏洞是不是還在則非所問。既主張立法，為何不為這些負擔制衡功能的「非常設的機關」提供一個長久的法律基礎？絕對的權力使人絕對的腐化，設計一個邏輯正確、長遠可行的監督機制去防範腐化，才是我們藉著三一九槍擊案，應該給自己的期許。
