首先，在本案中，前任交通部長林陵三雖然不是「律師出身」，但仍應對法律有基本認識，況且交通部內部難道沒有法制單位依憑法律專業，對變更航發會章程一事提出專業法律意見？法院雖僅以開會程序有重大瑕疵而裁定章程變更無效，事實上，即便開會通知確在時限內送達董事，依民法對財團法人變更捐助目的的嚴格限制（航發會主管機關正是交通部），航發會如此形態的章程變更也屬違法。這些法律ＡＢＣ，為什麼沒有專業法律人員做好把關？相關法律分析，筆者已於去年十月三日聯合報民意論壇投書「修章程資助高鐵航發會違法」一文中詳述，於茲不贅。
更荒謬的是，航發會竟在法院謊稱其於法定通知時限內以傳真方式傳發開會通知，經查其主張用以聯繫的傳真機，卻均無傳發與董監事的通聯紀錄。除了涉及虛偽陳述外，甚至涉及刑法偽造文書罪。
其次，交通部知悉法院的確定裁定後，仍表示「章程變更登記無效，而非投資無效」。依航發會原章程第二條規定，其業務以「協助中華民國航空事業發展、研究及有關活動之推展」為唯一目的。依此目的，航發會不得投資「非屬航空事業」，事屬至明。
在航發會事件中，實顯示出政府官員價值崩壞的嚴重危機。這危機來自於三方面。
第一，政府機關從上到下均缺乏對法治的認識與尊重，不知政策的決定仍必須在尊重法律的前提下進行。這也顯示政府部門建構超然、不受政治影響而堅守法律專業的法律諮詢單位，也就是「法律守門人」的急迫性。負責對政府的政策決定進行「適法性審查」，避免政府首長作出違法決定，引起爭議，甚至因而侵害人民權益並引起國家賠償問題造成政府損失。
第二，逆淘汰的過程已然在政務官與文官系統內成形。文官中必然有許多正直之士。但由於不肯附和上級的不法，被當成石頭，在拔擢升遷過程中，就會一層層地被淘汰掉，留下的人往往曲和上級以求平步青雲，如果法律上的專業分析結果違反了上級的政治決定，他們也不敢據以向上級長官申明異議。
第三，僥倖心態作祟，以為違法行事，未必會被發現；或被發現了，未必會有人追究；或縱有追究，自己也未必會受到什麼了不起的懲罰。
於是航發會違法變更章程，接著動用資金資助高鐵，高鐵因為資金到位，就可以向銀行團貸更多的錢。然後呢？就算法院裁定章程變更無效，航發會的資金還抽得回來嗎？這些政府首長，看準遲來的法院裁定改不了既成事實，而航發會的錢拿不回來，反正也不是自己口袋裡的錢，無所謂。就是這種心態，讓他們明知違法，還是決定一意孤行。
但這樣的盤算顯然是錯的，背信刑責，檢察機關已在偵辦，如今法院裁定章程變更無效，相關當事人，特別是政府指派的董事，其違背「善良管理人」的義務，也有民事責任。這些都是不重視法律的結果，最後，除了裁定章程變更無效之外，接下來在法律上對主事者的究責也應進行。在這次公然違法事件中，讓決策者「個人」受到懲罰，使其知所警惕，或者這樣，才能讓政府官員「因畏而敬」，真正地尊重法律。
