輿論揣測，檢察官將於春節前起訴馬英九。從起訴的角度而言，堅持「用途別預算科目分類定義及計列標準表」（九五年版）對特別費定義中「公務所需」是作出起訴處分最方便的判斷。然而，找得到起訴的「法律基礎」，就代表沒有不起訴的理由嗎？當然不是。這中間仍涉及許多「檢察官自由心證與個人判斷的空間」。
首先，該「標準表」雖對特別費作出了「定義」，即亦不論須否檢據，均需用於公務。但也並非沒有其他的政府函示，作出不同的解釋，例如民國七十年，法務部就函示：「特別費…；半數得由首長自由支用，並不過問其用途，此無非國家對於機關首長之特別酬庸。」去年法務部提出的解釋意見也明白指出，特別費是對首長「實質補貼」。檢察官要採標準表的定義，或採法務部「實質補貼」的解釋意見？
事實上，這也恰恰顯示了，在政府內部都對特別費的屬性界定不清、並且「若有違法」，主計、會計、審計人員數十年來均不糾正的「慣例」下，課以公務浩繁的機關首長注意該標準表中「均需用於公務」規定的義務，是否合宜？誠如龍應台女士的「自首」，對於特別費的處理，首長依會計人員的專業意見、依規定、循往例撥入私帳，卻因此構罪，「公務所需」的認識，對首長而言，期待可能性有多少呢？又如果主觀上無犯罪之期待可能，還有「如有剩餘未用款項需否繳回」之問題嗎？
其次，縱然「公務所需」為檢察官所堅持，公務所需的「廣狹定義」又是另一重心證。馬英九任內數千萬的公益捐款何不能解為公務？
其三，在國務機要費並無半數不需檢據的規定下，陳瑞仁檢察官憑總統「半數不需檢據」的私人主張，即未要求總統對半數國務機要費付「自證責任」，何以在明文規定半數不需檢據，免去首長舉證責任的特別費中，侯寬仁卻採用嚴格標準，要求馬英九自證流向？
其四，特別費的問題，既是一個機關首長的普遍問題。何不先一併就全國機關首長進行全面的通案調查，卻獨選馬英九作為「指標案例」？誠如輿論分析，若馬英九遭起訴，依該起訴標準，眾多機關首長亦難逃起訴命運，由於政治震撼太大，於是只好立法溯免，或由總統特赦，最後大家都會沒事。但這「大家沒事」的表象中，卻有一個「例外」，那就是被當作「指標」的馬英九，因為不可回復政治傷害已然造成。
以上的分析要說的是，在本案中起訴或不起訴的判斷是相對的。檢察官要作出起訴處分，不至於「找不到法律理由」。這反映了三個問題：第一，法律終究只是一套「公式」，當這套公式套不進模糊地帶時，檢察官就有自由心證的空間。
第二，對一般案件而言，在三審的嚴格司法程序中，檢察官個人主觀與自由心證的影響會被削弱。但問題是，在馬英九特別費案中，我們雖相信就算馬被起訴，亦應不致被定罪，可是當「起訴與否」在該案中被賦與了超越司法的「政治意義」時，成為一個被眾望所孚的政治菁英能否角逐總統的前位門檻時，這就會成為檢察官「難以承受之重」。
第三，無論如何，讓檢察官「有機會」找到起訴的理由，馬英九至少犯了不夠謹慎、不夠嚴格的錯誤。只是，這又是另一種「相對式的哲學問題」。馬英九的道德標準或非「絕對無瑕」，但在目前檯面上的政治人物中，卻又是不可多得的高尚。
從個人的「絕對標準」言，倘若其不幸被起訴，筆者認為馬應辭黨主席，在一審宣判無罪、還其清白前，甚至應棄選總統。但若從國家長治、選賢舉才的「相對標準」言，筆者卻也能深刻體會包括龍應台、陸以正等人的心情，馬似應暫拋個人毀譽，以國為重，不輕言放棄，畢竟他是目前眾多政治人物中「相對較優」的選項。
要從絕對標準而棄，或依相對標準而留，這將是馬英九最難的選擇。
