第二，國民黨方面提出不用檢據核銷的特別費係為一種「統籌概算費用」。此種費用基於行政效能與行政便利等考量，在撥付時均「假設」該項概算金額全部已經支出，並無賸餘，並不考慮個別案件實際支出費用是否超過或是不足，因為不採取實報實銷，因此，並無多退少補的問題。比方說地方民代的研究費用、文具費、郵電費等均屬之。此說可採否，則是第二個判斷點。
第三，檢察官對於不需檢據核銷的特別費支出流向的審查強度如何？審查強度最低者為不予審查，例如按照陳瑞仁檢察官在國務機要費一案中的審查標準，其對於陳總統宣稱具有特別費性質、半數不需檢據的，並未實際查核其確切的支出流向。強度略升者則為形式審查，僅計算馬英九八年任期內之招待饋贈總支出是否大於入帳之特別費總數，而不問其係基於何種主觀進行捐贈。
強度再向上推升者則為主觀實質審查，即探求每一筆捐款的主觀動機，細分係由競選補助金或特別費中撥捐，若特別費撥捐之數不及特別費入帳總數，且不能自證流向，即認定其納入私囊。強度最高者為期間審查，以月或年或任期為單位，檢驗期間內捐贈支出的款項。認為特別費係以月（或年或任期）為單位支用，若當月（年或任期）未用罄，立即發生繳回義務，若未繳回即已構成貪汙事實。
第四，對貪汙罪主觀要件構成的判斷，亦即對當事人有無貪汙故意作出判斷。一種思考可能性，係認為特別費屬性存有爭議、並就行政慣例觀察、考量匯入私帳的規定，欠缺特別費回繳之制度等等，加以政府首長多半依從會計人員的建議循往例處理特別費。觀此種種認難以逕謂政府首長有貪汙之故意。另一種思考可能性，則仍認相關涉案當事人合致故意之要件。至多若有構成「不知法律」的情形，則依刑法第十六條，仍不能免除刑事責任，僅能按其情節，減輕其刑。
綜上所述，檢察官採取的法律認定是寬是嚴，將左右其有罪無罪判斷。而這又將深廣地影響全國其他和馬英九採同一模式處理特別費的公務員。美國著名律師亞倫．德修茲曾說：「世上沒有幾個職務，比做個誠實而真正懷有正義感的檢察官更為崇高。由於檢方具有高度的裁量自由，使其要比辯方律師或法官更能夠對刑事司法制度產生重大影響。」在馬英九特別費案中，檢察官的判斷不但對刑事司法制度會產生影響，對台灣的文官制度、廉能政治也會產生非常鉅大的影響。
