特別費風暴延燒到全國數千名政府首長，當我們把目光焦點集中在當事人如何交待特別費的支出流向，以及檢察官可能以什麼樣的標準偵辦案件的同時。其實，有一個更該受到國人矚目的機關就是：行政院主計處。
身為主掌歲計預算與決算的主管機關，很明顯地是這波風暴中最該受到譴責的單位。
首先，如果是一、二個首長在特別費的支用上受到懷疑，那還只是個案當事人的操守問題，怪不得主計單位。但如果全國數千名曾動支特別費的政府首長，其中大部分支用上都有疑問，都可能經不起檢察官的嚴格檢驗的話。那麼，這樣的通象就代表二種可能：其一，制度的設計有問題（模糊、有矛盾、有陷阱）；其二，制度沒問題，是政府首長守法精神普遍低落之故。
不論是何者，主計單位都難脫責任。若制度有問題、有陷阱，最有注意義務的就是主計單位，但主計單位卻怠忽這樣的注意義務，使得風暴擴延乃至有不可收拾的可能，可謂嚴重失職。縱非制度問題，而是首長普遍不法，職掌全國政府機關歲計，負責監督預算編列、決算報告的主計單位，卻經年未覺首長在特別費支用過程中的不法，亦不曾主動糾舉，一樣該受責備（審計單位在此也有類似責任）。
而以上，還是從「過去」的角度，來探究主計單位的責任。惟逝者已矣，主計部門的怠忽職守是既成事實，究責的效果有限。但如果把目光移轉到今時今刻，我們會發現，主計單位在特別費風波中彷若置身事外的默然，更是讓人難以原諒。
當我們還原特別費風暴，就會發現，要判斷首長支用特別費的過程中有無不法，判斷的關鍵點之一，無疑涉及了對主計法規、相關行政慣例的解釋。不管從職能分工或專業知識的角度來看，最有資格，也最應該表明看法、提出法律意見的單位就是行政院主計處。我國政府雖然採的是權力分立的政治體系，司法權與行政權是分立的，但當案件涉及行政機關的內部規則時，司法機關也必須尊重行政機關對相關規則的法律見解。
換言之，行政院主計處對於特別費支用規定有義務提出更清楚的法律見解，也有義務交待過去全國行政機關對於特別費，尤其是不用檢據核銷的特別費，其支用、核銷、用餘繳回的慣例為何？主計處有責任說清楚立場，這樣才能有助釐清特別費問題究竟是制度缺陷的問題，還是首長個人不法的問題。
然而，特別費風暴延燒數月，除了表示將在未來修改制度外，不見主計處對於主計法規現狀提出清楚立場。不禁令人懷疑，難道是因為之前特別費風波的焦點並非集中在執政黨官員，或基於選舉在即等政治考量，刻意沉默？如今，風暴演變愈烈，全國首長均受質疑、公信重創，五院院長、執政黨首長亦均不能免，主計處，還要繼續默不吭聲、冷眼旁觀嗎？
